שולמית, נערה יהודייה יפה וחכמה, נחטפת ונמכרת לעבדות. היא מובאת לביתו של יאניס, אציל יווני ופילוסוף, ידידו הטוב של המלך. עד מהרה מתפתחת ביניהם ידידות עמוקה שמבשילה לאהבה.

בינתיים מתגבש ביהודה מרד בני מתתיהו ואחיהם היהודים בשליט היווני. שולמית ויאניס מוצאים את עצמם בשני צידי המתרס ונדרשים לגדלות נפש ולאומץ כדי להוכיח שלחוכמה, לאנושיות ולאהבה אין גבולות.

בודדה במערכה הוא רומן היסטורי סוחף ומעורר מחשבה שמקים לתחייה את יוון בעת העתיקה ואת הקהילה היהודית, המנסה לשמור על צביונה ועל חירותה מול השלטון. זהו גם סיפור אנושי מרגש על שתי נשמות שנפגשות בעולם עוין, ויכולות לו.