זה הסיפור של יהונתן, סטודנט צעיר ומבולבל, שמנסה להבין מה לכל הרוחות גם לו לרצוח באכזריות את ארוסתו בפרק הראשון של הספר. זה גם הסיפור של יאיר, סטודנט צעיר ומבולבל, שמנסה להבין מה לכל הרוחות גרם לו לכתוב את הספר המטלטל והחצוף והמוטרף הזה, שמציע לקוראיו טריפ ספרותי חסר תקדים.

יאיר אגמון משנה את חוקי המשחק. דפי הספר נראים אחרת, העלילה הכפולה מתפרצת מכיוונים מפתיעים, ה'אמת' מתנסחת ונסדקת שוב ושוב ושוב, וכל הגבולות הבסיסיים ביותר שבין טקסט לקורא – עולים באש תופת (טקסטואלית, קולנועית וויזואלית) של בדיה ומציאות.
האם יהונתן הוא פסיכופת קיצוני המוחזק לבטח בין דפי הספר או שהוא למרבה האימה אדם המהלך חופשי בינינו, ויותר מכך – האם גם בנו, הקוראים, מצוי היסוד האלים, חסר הגבולות הזה, שיש גם ביהונתן? האם אפשר יהיה למצוא הסבר להתנהגות של יהונתן? האם התקופה שבה יהונתן ואנחנו חיים מאפשרת להתנהגות קיצונית שכזו להתקיים? האם האהבה של יהונתן אל שלי היתה "אמיתית"? האם יש אהבה אמיתית?

במרכז הרומן עומדים יחסיו של יהונתן עם הוריו, והיחסים של יאיר עם אמו כיסודות אוטוביוגרפים המסבירים (אולי) את התנהגותו כבוגר, הבדידות הגדולה של הגבר הצעיר בעולם המערבי הדורש ממנו תפקוד אינסופי והאלימות, המין והאסתטיקה – שלושה יסודות שמזינים זה את זה.קריאה ב"יאיר ויהונתן" היא קריאה בטקסט מלא אפשרויות, הבוחנת ללא הרף כיצד היא מתבצעת ואיזה רווח ומחיר היא מציעה ודורשת.

בטקסט משולבים סרטונים מלווה אותו מוסיקה מקורית שנכתבה במיוחד עבורו. כדי לצפות ולהאזין יש לסרוק את ה- QR המפוזרים לאורך הספר ומוסיפים לו ממדים חדשים